Как сообщило главное управление сельского хозяйства Алтайского края, история агрономического факультета начинается с момента создания Алтайского сельскохозяйственного института (1943 г.). В годы организации вуза преподавательский коллектив был представлен в основном сотрудниками бывшего Пушкинского СХИ. Почти все кафедры возглавлялись профессорами, прибывшими из Ленинграда.
После снятия блокады Ленинграда и окончания Великой Отечественной войны многие работники Пушкинского сельхозинститута возвратились в город на Неве. Но преподавательский коллектив агрофака к тому времени уже был в основном сформирован из местных кадров и мог решать поставленные перед ним задачи подготовки специалистов сельского хозяйства и актуальные научные проблемы. В августе 1946 года состоялся первый выпуск молодых специалистов: 19 агрономов широкого профиля и 10 агрономов по защите растений, стало известно Информационному агентству «Светич».
В 1997 году на факультете была открыта специальность «Агрохимия и агропочвоведение», в 1999 г. — специальность «Плодоовощеводство и виноградарство», в 2003 г. – «Лесное хозяйство».
С 2009 г. факультет переходит на двухуровневую программу подготовки специалистов высшего образования (бакалавриат и магистратура). В настоящее время учебный процесс обеспечивают высококвалифицированные педагогические кадры: 15 докторов, более 50 кандидатов сельскохозяйственных наук и доцентов. В вузе готовят специалистов по программам «Агрономия», «Агрохимия и агропочвоведение», «Плодоовощеводство и виноградарство», «Лесное хозяйство».